С того момента, когда с Зоной смирились власти и приняли ее существование, она стала обособленным государством со своими правилами и порядками. Территория разделена на несколько секторов и контролируется Отрядом Специальных Операций, чья база для удобства находиться в довольно опасной Желтой Зоне. Новая лаборатория по изучению проблем аномалии расположена там же, после долгих бесплодных попыток победить мутантов и уничтожить ореол их обитания, научные работники достигли серьезного прорыва.
На месте подконтрольном ОСО майор обнаруживает бывшую гимнастку, привезенную с большой земли, она не помнит, как очутилась в сердце Ареала, и кто ее похитил, а главное какова цель. Чем продуктивнее успехи ученых – тем больше незнакомых людей оказывается внутри радиоактивной местности, возможно в их появлении скрыта тайна…